An den Hochschulen in Köln und Münster
studierte er Quer- und Traversflöte sowie Musikwissenschaft. Parallel
dazu studierte Karl Kaiser außerdem mit Abschluss Theologie und
Philosophie an den Universitäten in Bonn und Köln, entschied sich dann
aber für den Beruf des Musikers. Neben seiner Mitgliedschaft im
Ensemble Camerata Köln ist Karl Kaiser Mitglied und Flötist beim
Freiburger Barockorchester und bei La Stagione Frankfurt.
Außerdem verbinden ihn Jahre der Zusammenarbeit mit dem Ensemble Musica Antiqua Köln, dem Reicha’schen Quintett und mit Musica Alta Ripa.
Karl Kaiser hat eine Professur an der Hochschule für Musik und Darstellende Kunst Frankfurt und unterrichtet an der Musikhochschule in Freiburg.